SeqKit: 高速なバイオインフォマティクス用シーケンス処理ツール
インストール
SeqKitは、クロスプラットフォームで非常に高速なFASTA/Qファイル操作用ツールキットです。以下に主要なインストール方法を示します。
Condaによるインストール
conda install -c bioconda seqkit
Homebrewによるインストール (macOS)
brew install seqkit
使い方
2.1. シーケンス操作
シーケンスの基本的な操作は`seqkit seq`コマンドで実行できます。
seqki ...
6月30日 19:01 投稿
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5月29日 07:04 投稿