SeqKit: 高速なバイオインフォマティクス用シーケンス処理ツール

インストール SeqKitは、クロスプラットフォームで非常に高速なFASTA/Qファイル操作用ツールキットです。以下に主要なインストール方法を示します。 Condaによるインストール conda install -c bioconda seqkit Homebrewによるインストール (macOS) brew install seqkit 使い方 2.1. シーケンス操作 シーケンスの基本的な操作は`seqkit seq`コマンドで実行できます。 seqki ...

6月30日 19:01 投稿

RNA-seq解析におけるカウントデータの統計的性質とモデリング

RNA-seqカウントデータの基礎 RNA-seq解析の出発点は、各サンプルにおける遺伝子ごとの発現量をまとめた「カウント行列(Count Matrix)」です。この行列において、行は遺伝子、列はサンプルを指し、各セルには特定の遺伝子から得られたシーケンスリードの整数値が格納されます。高いカウント値は一般的に高い発現量を示唆しますが、正規化なしの生の数値には注意が必 ...

5月29日 07:04 投稿