GROMACSによるタンパク質-リガンド複合体シミュレーションのワークフロー
必要なソフトウェア
Ambertools
GROMACS 2018
Gaussian 09
リガンドの準備
リガンドへの水素付加
水素付加には、Gaussian、Ambertoolsのreduce、PyMolなど複数の方法が利用可能です。
reduce ligand.pdb > ligand_h.pdb
antechamberを使用したGaussian入力ファイルの生成
antechamber -i ligand_H.pdb -fi pdb -o ligand.gjf -fo gcrt -pf y -gm "%mem=10GB" -gn "%npr ...
6月8日 16:01 投稿