RNA-seq解析：尤度比検証による遺伝子発現変動の特定
学習内容
尤度比検証（LRT）を仮説検定に応用する方法
LRTで生成された結果をWald検証の結果と比較する
LRTの有意な遺伝子リストから共通の発現パターンを特定する
尤度比検証
2つ以上のレベルにおける発現変化を評価する際、DESeq2はWald検証に代わる方法として尤度比検証（LRT）を提供します。重要と判定される遺伝子は、因子レベル間でいずれの方向にも発現が変化する ...
6月11日 19:55 投稿
RNA-seq解析におけるカウントデータの統計的性質とモデリング
RNA-seqカウントデータの基礎
RNA-seq解析の出発点は、各サンプルにおける遺伝子ごとの発現量をまとめた「カウント行列（Count Matrix）」です。この行列において、行は遺伝子、列はサンプルを指し、各セルには特定の遺伝子から得られたシーケンスリードの整数値が格納されます。高いカウント値は一般的に高い発現量を示唆しますが、正規化なしの生の数値には注意が必 ...
5月29日 07:04 投稿